有关人士认为，有三个原因造成了目前网络高等教育的困境。

　　一是社会对网络文凭持怀疑态度。这是网络高等教育的致命伤。有关人士指出，网络高等教育目前主要还是靠文凭吸引学生，其教育内容对学生并没有什么吸引力，这种教育一旦和文凭脱钩了，那么选择它的学生就会剧减。虽然目前没有和文凭脱钩，但人们对网络的文凭还是持怀疑的态度，社会对网络文凭评价极低，所以不少学生在其他条件相当的情况下，就会选择社会认可度更高的文凭教育。

　　二是其他学历教育对网络高等教育生源的冲击。随着高校的不断扩招，高等教育趋向大众化，更多的学生进入高校学习。同时，成人高考的门槛不断降低，录取比例较高，而且学费也比较便宜，这就直接冲击了网络高等教育。据悉，福建省今年成人高校录取率大概为75%，而有的专业录取率达到100%。

　　三是有关部门对网络高等教育管理逐步规范，学生进入门槛不断提高。据悉，2003年教育部已把审批权下放到省教育厅，由各省教育厅进行规范整顿，关闭了部分不合格网点。以福建省为例，经过整顿，原来220个办学点目前就只剩下120个点。同时，教育部还要求网络高等教育的在学学生必须通过语文(或高数)、英语、计算机统考，没有通过统考者，则拿不到毕业证书，这一招就像给网络高等教育上了“紧箍咒”，让它不能胡作非为。据悉，2006年教育部还要对网络高等教育学校及其办学点进行评估，不合格者将被取消办学资格。

　　网络高等教育泡沫化仍留下不少“后遗症”。

　　“网络高等教育实际上已变质为某些高校圈钱的机器以及某些人敛财的工具，有些参与网络招生的人真的可以一夜暴富。”一位教育管理者接受记者采访时，难掩心中的不平。

　　与这种“暴富”形成鲜明对比的是，边远地区的教师要花十几年工资才能凑足学费。一位山区小学教师告诉记者：“我现在的月薪是500多元，一年到头剩不了1000元，所以我读这网络文凭的学费都是我父母给的，要靠自己工资，(积累)10年可能都无法读。”

　　除了感到“不公平”外，有关人士认为，网络高等教育真正的“后遗症”是：其管理的不规范打乱了原有教育市场的有序性，败坏了教育风气。某高校继续学院院长表示：“教育部给予网络高等教育的优惠政策是函授教育办学50多年来从没有过的，办学、招生、考试、收费标准全部由学校自主而且不受地域限制，网络高等教育把有序的市场搅乱了，直接冲击了函授几十年来积累的办学传统，不但使学生形成不劳而获的恶习，而且严重败坏了教育风气，形成劣币驱除良币的后果。”

　　同时，网络文凭在破坏教育市场的本身，也给自身的可持续发展带来了灭顶之灾。一位从事多年网络教育的人士告诉记者，现在虽然很多高校的网络教育文凭和函授、自考、电大的文凭一样被国家承认，可以参加公务员考试等，但是大家都明白网络高等教育的底细，所以用人单位对网络教育的文凭最不信任。“网络高等教育的牌子被那些杀鸡取卵者彻底搞烂了，要重树招牌还需时日。”